La Asamblea General, que actuará en Pleno, es el órgano supremo de gobierno de la Confederación.
La Asamblea General estará constituida por un número ilimitado de vocales, cuya designación será efectuada por cada una de las organizaciones incorporadas a la Confederación, así como uno por cada miembro asociado. Cada organización miembro dispondrá de un número de representantes atribuido por la Junta Directiva, en consideración a la importancia de su actividad empresarial, y a la capacidad productiva o de prestación de servicios de sus empresas, igualmente se valorará el grado de su implantación en la economía provincial y su nivel asociativo.
La Junta Directiva es el órgano ordinario de gobierno, gestión, administración y dirección de la Confederación, se reunirá, al menos una vez al trimestre, y estará compuesta por los Presidentes de todas las organizaciones confederadas miembros de pleno derecho. Los representantes de los miembros asociados podrán participar en las reuniones de la Junta Directiva, en las que tendrá voz pero no voto ni se computarán para quórum. Igualmente formará parte de la Junta Directiva, con voz pero sin voto, el Secretario General como miembro de la misma.
El Comité Ejecutivo es el órgano de permanente actuación en la gestión, administración y dirección de la Confederación. Estará presidido por el titular de la Confederación y compuesto además por un máximo de dieciséis Vocales, cuya elección y remoción acordará la Junta Directiva de entre los vocales de la Asamblea General y a propuesta del Presidente. Igualmente formará parte de dicho Comité Ejecutivo, como miembro del mismo, con voz pero sin voto, el Secretario General.